自主管理的保税区储物流企业，必须通过海关的严格审核才能营运。

保税区储是指使用海关核准的保税区库存放保税货物的仓储行为。保税货物主要是暂时进境后还需要复运出境的货物，或者海关批准暂缓纳税的进口货物。保税区储受到海关的直接，虽然说货物也是由存货人委托保管，但保管人要对海关负责，入库或者出库单据均需要由海关签署。保税区储一般在进出境口岸附近进行。
第三方物流自主管理的保税区储业务，是近几年新推出的保税物流业务，是依据的保税货物进出口报关和完税的新型管理模式。在这种新型管理模式下，保税区可以设在保税区外，海关下放部分操作程序，由第三方物流企业自主管理，海关可以随时查看保税区的库存情况，对保税区实行。
保税区每月向海关申报一次货物进出口清单，并与海关系统核对保税货物的库存，一次完税，大大简化了进出关的手续，加快了通关速度。此种管理模式特别适用于对时间和库存要求比较高的维修备件的保税库存业务。

保税区库应当按照海关批准的存放货物范围和商品种类开展保税区储业务。
1．保税区储货物进仓
（1）经海关批准，下列货物可以存入保税区库：
a．加工贸易进口货物；
b．转口货物；
c．供应国际航行船舶和的油料、物料和维修用零部件；
d．供维修外国产品所进口寄售的零配件；
e．外商暂存货物；
f．未办结海关手续的一般贸易货物；
g．经海关批准的其他未办结海关手续的货物。
（2）有下列情况的货物不得存入保税区库：
a．海关规定不得存入保税区库的货物，如汽车、办公用品、家用电器等；
b．按规定须提供许可而企业不能提供的货物，如易化学品、军民用化学品、废旧物资等；
c．申报进仓货物超经营范围的；
d．申报进仓货物超仓储能力的；
e．申报进口备料仓库的保税货物超企业年加工生产能力。

保税区储区别于一般仓储之处在于保税区储的力度要大得多。
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