货物在仓库中的全周期需要能够实时掌握，因此保税区储的管理信息系统要求也高很多。

保税货物主要是暂时进境后还需要复运出境的货物，或者海关批准暂缓纳税的进口货物。

第三方保税物流管理信息系统能够满足海关对保税物品进、出、存、退、换和完税的管理需求，满足不同货主对其保税备件仓储、保管、包装、配送、退货和回收的相异的物流管理要求；能够适应多组织架构物流公司的管理和多仓库统一管理的要求；能够满足多货主的不同备件保税或完税物流管理的需求；能够满足货主业务发展的需要，进行不同区域的快速配送服务；能够快速调整和适应因货主备件物流管理过程的变化要求；能够对协作的承运商进行管理，包括费用的按期结算；能够设定各种物流费用（包括各种关税和海关代收），系统按业务量自动结算物流费用和各种税收，也可手工调整和补录费用；货主随时可以查询订单执行情况、库存和物流费用结算情况等；海关随时掌控保税区保税备件的进、出、存、退、换和完税情况；系统支持仓库使用RF和条码设备，对仓库的库位、备件实现条码管理，在仓库中使用RF进行在线作业，提率、降低出错率、降低物流成本；有数据接口，将不同货主的订单自动导入物流系统；对备件的价格、批号、序列号等管理；对备件可实现全程跟踪查询；按货主要求的报表格式产生货主索要的各类报表；未来能顺利拓展相关功能，实现报关管理、货代管理和运输管理等，并且是一体化的初始数据在各模块享；提供各类分析报表，给管理提供数据的依据，不断改进管理，提高服务质量，提高客户满意度。

保税区储受到海关的直接，虽然说货物也是由存货人委托保管，但保管人要对海关负责，入库或者出库单据均需要由海关签署。保税区储一般在进出境口岸附近进行。
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