第三方保税物流管理信息系统能够满足海关对保税物品进、出、存、退、换和完税的管理需求，满足不同货主对其保税备件仓储、保管、包装、配送、退货和回收的相异的物流管理要求；能够适应多组织架构物流公司的管理和多仓库统一管理的要求；能够满足多货主的不同备件保税或完税物流管理的需求；能够满足货主业务发展的需要，进行不同区域的快速配送服务；能够快速调整和适应因货主备件物流管理过程的变化要求；能够对协作的承运商进行管理，包括费用的按期结算；能够设定各种物流费用（包括各种关税和海关代收），系统按业务量自动结算物流费用和各种税收，也可手工调整和补录费用；货主随时可以查询订单执行情况、库存和物流费用结算情况等；海关随时掌控保税区保税备件的进、出、存、退、换和完税情况；系统支持仓库使用RF和条码设备，对仓库的库位、备件实现条码管理，在仓库中使用RF进行在线作业，提率、降低出错率、降低物流成本；有数据接口，将不同货主的订单自动导入物流系统；对备件的价格、批号、序列号等管理；对备件可实现全程跟踪查询；按货主要求的报表格式产生货主索要的各类报表；未来能顺利拓展相关功能，实现报关管理、货代管理和运输管理等，并且是一体化的初始数据在各模块享；提供各类分析报表，给管理提供数据的依据，不断改进管理，提高服务质量，提高客户满意度。

保税区每月向海关申报一次货物进出口清单，并与海关系统核对保税货物的库存，一次完税，大大简化了进出关的手续

货物在仓库中的全周期需要能够实时掌握，因此保税区储的管理信息系统要求也高很多。

保税区储是指使用海关核准的保税区库存放保税货物的仓储行为。保税货物主要是暂时进境后还需要复运出境的货物，或者海关批准暂缓纳税的进口货物。保税区储受到海关的直接，虽然说货物也是由存货人委托保管，但保管人要对海关负责，入库或者出库单据均需要由海关签署。保税区储一般在进出境口岸附近进行。
第三方物流自主管理的保税区储业务，是近几年新推出的保税物流业务，是依据的保税货物进出口报关和完税的新型管理模式。在这种新型管理模式下，保税区可以设在保税区外，海关下放部分操作程序，由第三方物流企业自主管理，海关可以随时查看保税区的库存情况，对保税区实行。
保税区每月向海关申报一次货物进出口清单，并与海关系统核对保税货物的库存，一次完税，大大简化了进出关的手续，加快了通关速度。此种管理模式特别适用于对时间和库存要求比较高的维修备件的保税库存业务。
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